Предприниматель Яан Тоотс сегодня женился на Эве Кирс, которая также занимается бизнесом. Свадьба состоялась в Домском соборе на Тоомпеа в Таллинне.
В семье Яана и Эве уже растет дочь Элизабет. Для обоих это второй брак.