На ТВ Лысенко попал еще студентом — в 1956 году, а через 3 года уже был автором и ведущим молодежных программ (пока внештатным).

С 1968 — старший редактор легендарной “молодежки“ — Главной редакции программ для молодежи. "КВН", "Аукцион", "А ну-ка, девушки!" и "А ну-ка, парни", "Что? Где? Когда?" — к появлению этих и других программ так или иначе причастен Анатолий Лысенко.

В 1987 году был назначен руководителем программы “Взгляд“ — в качестве “дядьки”, чтобы бойкая “молодежь” понимала границы. Однако Лысенко давал достаточно много творческой свободы. В результате и “Взгляд” стал символом перестройки на ТВ, и Лысенко показал себя прогрессивным руководителем, что позволило именно ему возглавить не зависимое от союзного руководства телевидение — ВГТРК.

Именно Лысенко в командировке увидел викторину "Колесо фортуны" и предложил сделать ее аналог. Так появилось "Поле чудес". Лысенко же выбрал первого ведущего программы — Владислава Листьева. В первые годы, кстати, "Поле чудес", будучи практически копией "Колеса фортуны", выходило "по-пиратски", без оплаты лицензии.

Затем Анатолий Лысенко стоял у истоков каналов ТВ-Центр (сейчас ТВЦ) и ОТР.